- Ближнемагистральный пассажирский самолет Як-40.
- Ближнемагистральный пассажирский самолет Як-40М.
- Десантно-транспортный, санитарный самолет Як-40ДТС.
- Ближнемагистральный грузопассажирский самолет Як-40К.
- Пассажирский самолет с повышенной дальностью Як-40П (проект).
- Самолёт-метеолаборатория Як-40 «Аква».
- Летающая лаборатория Як-40/М-602.
- Летающая лаборатория Як-40 «Фобос».
- Летающая лаборатория Як-40РЭО.
- Летающая лаборатория Як-40-25.
- Аэродромный вспомогательный самолет Як-40 «Калибровщик».
- Самолёт-метеолаборатория Як-40 «Лирос».
- Самолёт-метеолаборатория Як-40 «Метео».
- Многоцелевой самолёт-метеолаборатория Як-40 «Шторм».
- Административный самолет Як-40 «Салон».
- Пассажирский самолет Як-40Д «Дальний».